ಸಹಕಾರಿ ತತ್ವಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ರೂಪಗೊಂಡಿದ್ದು, ಸಂಸ್ಥೆಯು 3 ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಂಡಿದೆ.

1. ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಹಾಲು ಉತ್ಪಾದಕರ ಸಹಕಾರ ಸಂಘಗಳು
2. ಜಿಲ್ಲಾ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಸಹಕಾರಿ ಹಾಲು ಒಕ್ಕೂಟಗಳು
3. ರಾಜ್ಯ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಸಹಕಾರಿ ಹಾಲು ಮಹಾಮಂಡಳಿ

ಮೇಲಿನ ಮೂರು ಹಂತಗಳು ಹಾಲು ಉತ್ಪಾದಕರಿಂದ ಚುನಾಯಿತ ಆಡಳಿತ ಮಂಡಳಿಯ ಸದಸ್ಯರಿಂದ ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಗುತ್ತಿದೆ. ರಾಜ್ಯಮಟ್ಟದ ಕೆ.ಎಂ.ಎಫ್ ಘಟಕಗಳು, ಜಿಲ್ಲಾ ಹಾಲು ಒಕ್ಕೂಟಗಳು ಹಾಗೂ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಹಾಲು ಉತ್ಪಾದಕರ ಸಹಕಾರ ಸಂಘಗಳು ಸಹಕಾರಿ ಹೈನೋದ್ಯಮದ ಧ್ಯೇಯೋದ್ದೇಶಗಳನ್ನು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಅನುಷ್ಠಾನಗೊಳಿಸಲು ಕೈ ಜೋಡಿಸಿ ಕೆಲಸ ಮಾಡುತ್ತಿವೆ.